知网查重工具对参考文献部分的查重方法主要包括：1.将参考文献内容逐条输入到查重系统中进行比对；2.注意引用格式的正确性，避免误判；3.查看查重报告中参考文献部分的重复率和相似度；4.针对重复率高的部分进行修改和重写；5.确保参考文献的引用规范和准确性。

在使用知网查重工具对参考文献部分进行查重时，需要注意避免以下情况：1.直接复制粘贴参考文献内容，容易导致重复率过高；2.未按照引用规范编辑参考文献，造成误判；3.忽略查重报告中的参考文献部分，导致遗漏重复内容；4.不及时修改重复率高的部分，影响论文质量；5.忽视参考文献的准确性和规范性。